天智天皇は即位以前の天智天皇2年（663年）に百済の復興を企図して朝鮮半島へ出兵して新羅・唐連合軍と戦うことになったが、白村江の戦いでの大敗により百済復興戦争は大失敗に終わった。このため天智天皇は国防施設を玄界灘や瀬戸内海の沿岸に築くとともに百済難民を東国へ移住させ、都を奈良盆地の飛鳥から琵琶湖南端の近江宮へ移した。また、国内の政治改革も急進的に行われた。しかしこれらの動きは豪族や民衆に新たな負担を与えることとなり、少なくない不満を生んだと考えられている。近江宮遷都の際には火災が多発しており、遷都に対する豪族・民衆の不満の現れだとされている。さらに、天智の改革においては地方豪族（特に東国）を軽視したために地方豪族の間で不平が高まったと見られている。これらの不満の高まりが壬申の乱の背景となっていった。
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また、飛鳥時代に多発した皇位継承紛争の1つと見る説もある。当時、律令制の導入を目指していた天智天皇は旧来の同母兄弟間での皇位継承の慣例に代わって唐にならった嫡子相続制（すなわち大友皇子（弘文天皇）への継承）の導入を目指しており、大海人皇子の不満を高めていった。さらに大海人皇子は有能な政治家であったらしく、これらを背景として大海人皇子の皇位継承を支持する勢力が形成され乱の発生へつながっていったとしている。これらを踏まえて、前述した天智改革への不満の醸成が壬申の乱の下地を作り天智以後の皇位継承の争いが乱発生の契機となったとする説が有力となっている。
また、天智天皇と大海人皇子の不和関係に原因を求める説もある。江戸時代の伴信友は『万葉集』に収録されている額田王（女性）の和歌の内容から、額田王をめぐる争いが天智・天武間の不和の遠因ではないかと推測している。